El organigrama del IIES, se concibe como una estructura flexible donde convergen diferentes actores que desarrollan actividades de manera colaborativa, los cuales están orquestados por su director, el comité científico y por instancias estratégicas institucionales. Este esquema, se enfoca en representar la operación del Instituto desde un concepto de sinergia para el cumplimiento de un mismo propósito.

El esquema funcional y organizacional del Instituto opera por equipos de trabajo agrupados de acuerdo a funciones y capacidades específicas. El equipo científico, está conformado por los investigadores y directores de las áreas de investigación y son los encargados de adelantar las actividades científicas y de I+D+i del Instituto. El equipo de apoyo técnico, estará integrado por un técnico en microscopía, un técnico de preparación de muestras, un funcionario de litoteca y un web master, dibujante estratigráfico, los cuales son un apoyo directo para el desarrollo de las actividades del equipo científico y la prestación de servicios. El equipo administrativo está compuesto por un coordinador administrativo, un coordinador de mercado y proyección, un asistente administrativo, un asesor jurídico y un funcionario de logística, quienes, en conjunto, se encargan de la gestión administrativa para el correcto funcionamiento del Instituto. Adicionalmente, están los colaboradores de I+D+i, integrado por jóvenes investigadores, estudiantes de pregrado, maestría y doctorado, postdoctorantes e investigadores expertos, quienes se podrán vincular de manera permanente y/o por proyectos para desarrollar actividades de I+D+i.

Las interrelaciones de los equipos de trabajo se fundamentan a través de una comunicación constante y articulada para el cumplimiento de los objetivos de cada una de las áreas del Instituto. A continuación, se muestra el organigrama que representa el funcionamiento del instituto descrito anteriormente: